זיהוי כוללני של שינויים גנטיים בתאי הגידול (מוטציות נקודתיות ואברציות כרומוזומליות), טביעת האצבע של הגידול, לעומת תאים בריאים. טביעת האצבע תשמש לחקר פרוגנזה של המחלה,פרדיקציה לטיפול ומנגונונים ביולוגים המאפיינים את הגידול הסרטני. בנוסף טביעת אצבע זו תשמש לצורך זיהוי רצף ייחודי לתא הגידולי של חולה לעומת תא בריא. על בסיס הרצף הייחודי יצור גלאי PCR לצורך ניטור התגובה לטיפול, אבחון של חזרת מחלה, אבחון של שארית גידול בשולי החתך הניתוחי, מציאת תאי גידול בבלוטות לימפה וזיהוי גידולים הרגישים לטיפול תרופתי מסוים.
לצרכים טיפוליים יש לאפיין את הגידול של כל חולה וחולה. כיום אפיון זה נעשה באמצעים כוללניים הכוללים מספר קריטריונים, ובהם: אתר הגידול, מידת התפשטות הגידול הראשוני לאתרים מרוחקים והתאים המרכיבים את הגידול. כן נבדק היום מספר מצומצם של שינויים ברצף הבסיסים של חומר התורשתי (DNA), הטיפוסיים לגידולים ספציפיים.
על סמך מאפיינים אלו נגזר הטיפול בחולי הסרטן החל מחיזוי המהלך הטבעי של המחלה (הפרוגנוזה), דרך התווית האמצעים שישמשו לטיפול, היעילות של האמצעים השונים (פרדיקציה) ושיטות המעקב אחר הצלחת הטיפול.
אחד המאפיינים של גידולים סרטניים הם שינויים רבים בחומר התורשתי. השינויים יכולים להיות ברמה של חומצת גרעין בודדת, מוטציות, (Stephens et al, 2012) ובשינויים במקטעי DNA ארוכים יותר כך שאזורים שמקטעים שונים מוכפלים, מוחסרים או משנים את מקומם (Curtis et al, 2012) (CNV). השילוב של מוטציות ו-CNV הם טביעת אצבע גנומית הייחודית לגידול לעומת התא הבריא. לעיתים טביעת האצבע הגנומית אף שונה בין אזורים שונים של הגידול או בין הגידול לגרורה (Gerlinger et al, 2012).
כיום ישנן טכנולוגיות רבות בשימוש ובפיתוח המאפשרות זיהוי של טביעת האצבע הגנומית במהירות ובאמינות המכונות כקבוצה טכנולוגיות ריצוף הדור הבא (Loman, et al 2012) (Next Generation Sequencing - NGS).
מטרת המחקר: ריצוף האזור הייחודי למוטציה בגידול לעומת תאים בריאים וכן האיזור הייחודי לגידול בו התרחשה האמפליפיקציה יוצרת רצף ייחודי לתא הגידולי בחולה המסויים. רצף זה יכול לשמש לזיהוי DNA מהגידול בדם. זיהוי DNA מהגידול בדם יכול לשמש כמדד פרוגנוסטי, פרדיקטיבי וניבוי מהיר של תגובה לטיפול. שלבי המחקר:
שלב ראשון - איתור מטופלים, כל חולה המאובחן כסובל מסרטן או אדם מועמד לפרוצדורה אבחנתית שבמסגרתה יבדקו רקמות לנוכחות גידול מעל גיל 18 וכשיר לקבל החלטה.
הגידולים: מלנומה, גידולים אפיתליאליים (סרטן שד, כליה, מעי גס, קיבה, שחלה, ערמונית, ראש צוואר, ריאה ומרקל קרצינומה), גידולי רקמת חיבור.
שלב שני - הסכמה מדעת.
שלב שלישי שלב שלישי - איסוף רקמת גידול - יעשה שימוש בדגימות רקמה, דם ושורות תאים. המחקר יתבצע על רקמות שאינן נחוצות לאבחון הגידול.
שלב רביעי - לקיחת דגימת דם 15 מל
שלב שישי - תיכנון גלאי מבוסס PCR - לפי טביעת האצבע של הגידול יתוכנן גלאי המבוסס על ראקציות PCR.
שלב שביעי - בדיקת רמת DNA של הגידול בדם או איתור מיקרו RNA- ראקציית PCR תתבצע על דם המטופלים בנקודות הזמן בן נלקחו דגימות.
שלב שמיני - ביסוס תרביות רקמה. יתרון תרביות הרקמה באפשרות לחזור על ניסויים תוך אספקת חומר תורשתי בכמויות הגדולות יותר מן המופק מחתכי פרפין או דגימות קפואות, וכן כמקור לניסויי השתקה והפעלה של מולוקלות תוך תאיות ובדיקת השפתעתם.
שלב תשיעי - מודיפיקציה גנטית של תאי הגידול - תאי גידול שגדלו בתרבית רקמה יעברו שינוי גנטי, לדוגמא השתקה של גן שנוצר רושם שהוא אחד מהגנים הגורם להתמרה של התא. תאים לאחר שינוי גנטי יגודלו ויאופינו, לדוגמא עי חשיפת את סרטן שבו הושתק גן לטיפול.
הדגימות וחומצות גרעין שיופקו מהן (DNA/RNA) תשמרנה כדגימות מזוהות למשך חמש עשרה שנים.
כרגע יש אישור הלסינקי לשנה, עם הארכה של האישור המחקר ימשיך ללא צפי לסיום