מהלך הניסוי כולל ביקור בבי"ח אסף הרופא פעמיים בשבוע במשך 3 שבועות בתחילת הניסוי ופעמיים בשבוע במשך 3 שבועות, כעבור 3 חודשים מתחילת הניסוי. בנוסף, ביקור כעבור 6 ו 9- חודשים מתחילת המחקר. בכל ביקור המטופל יתבקש לבלוע 10 כמוסות להשתלת צואה בנוכחות רופא, כאשר רק ב 3- שבועות עוקבים מתוכם ינתנו הכמוסות להשתלת צואה וב 3-השבועות העוקבים שלפניהם או אחריהם ינתנו כמוסות אינבו. הכמוסות ינתנו בסמיות כפולה (כלומר הן המטופל והן צוות המחקר יודעים מהו סוג הטיפול שניתן).

בנוסף, המטופל יתבקש לתת דגימת צואה לאנליזה של תוצרי פירוק ודנ"א של המיקרוביום (מגוון החיידקים החיים במעי) בנקודות הזמן הבאות: זמן 0 (תחילת המחקר, לפני נטילת הכמוסות), כעבור 3 שבועות (בתום הנטילות), כעבור 12 שבועות מתחילת המחקר (לפני התחלת הנטילות הנוספת), כעבור 15 שבועות מתחילת המחקר (בתום הנטילות בפעימה השנייה), 6 חודשים ו -9 חודשים מתחילת המחקר. כחלק מתהליך איסוף הנתונים וקביעת מדדים לאיכות חיים, ימולאו שאלונים: שאלון רפואי ופרטים אישיים, שאלוני מדד אוטיזם ושאלון מעי רגיז במועדים הבאים: תחילת הניסוי, 12 שבועות מתחילת המחקר, חצי שנה ו 9- חודשים. בנוסף, יתבקש המטופל למלא יומן תסמינים במהלך כל תקופת נטילת הכמוסות.